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TPpred: a predictior of organelle-targeting peptides in eukaryotic proteins with Grammatical-Restrained Hidden Conditional Random Fields
2013 Valentina Indio; Pier Luigi Martelli; Castrense Savojardo; Piero Fariselli; Rita Casadio
Whole-transcriptome paired-end sequencing and the pancreatic cancer genetic landscape
2013 Marina Macchini; Annalisa Astolfi; Valentina Indio; Silvia Vecchiarelli; Elisa Grassi; Carla Serra; Riccardo Casadei; Donatella Santini; Marielda D'Ambra; Claudio Ricci; Francesco Minni; Guido Biasco; Mariacristina Di Marco
Expression of IGF-1 receptor in KIT/PDGF receptor-α wild-type gastrointestinal stromal tumors with succinate dehydrogenase complex dysfunction.
2013 Nannini M;Astolfi A;Paterini P;Urbini M;Santini D;Catena F;Indio V;Casadio R;Pinna AD;Biasco G;Pantaleo MA
The prediction of organelle-targeting peptides in eukaryotic proteins with Grammatical-Restrained Hidden Conditional Random Fields.
2013 Indio V;Martelli PL;Savojardo C;Fariselli P;Casadio R
CBFA2T3-GLIS2 fusion transcript is a novel common feature in pediatric, cytogenetically normal AML, not restricted to FAB M7 subtype.
2013 Masetti R; Pigazzi M; Togni M; Astolfi A; Indio V; Manara E; Casadio R; Pession A; Basso G; Locatelli F
Dystrophin deregulation is associated with tumor progression in KIT/PDGFRA mutant gastrointestinal stromal tumors.
2014 M. A. Pantaleo;A. Astolfi;M. Urbini;F. Fuligni;M. Saponara;M. Nannini;C. Lolli;V. Indio;D. Santini;G. Ercolani;G. Brandi;A. D. Pinna;G. Biasco
Characterization of pancreatic ductal adenocarcinoma patients using whole-transcriptome sequencing and copy number analysis by SNPs array techniques.
2014 Silvia Vecchiarelli;Mariacristina Di Marco; Annalisa Astolfi; Elisa Grassi; Valentina Indio; Marina Macchini; Claudio Ricci; Riccardo Casadei; Marielda D'Ambra; Carla Serra; Giorgio Ercolani; Donatella Santini; Antonietta D'Errico; Antonio Daniele Pinna; Francesco Minni; Guido Biasco
Analysis of all subunits, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, of the succinate dehydrogenase complex in KIT/PDGFRA wild-type GIST.
2014 Pantaleo MA;Astolfi A;Urbini M;Nannini M;Paterini P;Indio V;Saponara M;Formica S;Ceccarelli C;Casadio R;Rossi G;Bertolini F;Santini D;Pirini MG;Fiorentino M;Basso U;Biasco G
Whole transcriptome sequencing of a paediatric case of de novo acute myeloid leukaemia with del(5q) reveals RUNX1-USP42 and PRDM16-SKI fusion transcripts.
2014 Masetti R;Togni M;Astolfi A;Pigazzi M;Indio V;Rivalta B;Manara E;Rutella S;Basso G;Pession A;Locatelli F
Activity of sunitinib in extraskeletal myxoid chondrosarcoma.
2014 Stacchiotti S;Pantaleo MA;Astolfi A;Dagrada GP;Negri T;Dei Tos AP;Indio V;Morosi C;Gronchi A;Colombo C;Conca E;Toffolatti L;Tazzari M;Crippa F;Maestro R;Pilotti S;Casali PG
Integrated genomic study of quadruple-WT GIST (KIT/PDGFRA/SDH/RAS pathway wild-type GIST)
2014 Margherita Nannini;Annalisa Astolfi;Milena Urbini;Valentina Indio;Donatella Santini;Michael C Heinrich;Christopher L Corless;Claudio Ceccarelli;Maristella Saponara;Anna Mandrioli;Cristian Lolli;Giorgio Ercolani;Giovanni Brandi;Guido Biasco;Maria A Pantaleo
Discovery of new potentially actionable mutations in pancreatic ductal adenocarcinoma by next generation sequencing
2015 Mariacristina, Di Marco; Sandra, Durante; Silvia, Vecchiarelli; Elisa, Grassi; Andrea, Palloni; Valentina, Indio; Annalisa, Astolfi; Chiara, Giusy Genovese; Riccardo, Panzacchi; Donatella, Santini; Riccardo, Casadei; Claudio, Ricci; Giorgio, Ercolani; Nicola, Pagano; Lucia, Calculli; Carla, Serra; Francesco, Minni; Antonio, Daniele Pinna; Guido, Biasco
Discovery of new potential actionable mutations in pancreatic ductal adenocarcinoma by next generation sequencing
2015 Mariacristina Di Marco; Sandra Durante; Silvia, Vecchiarelli; Elisa, Grassi; Andrea, Palloni; Valentina, Indio; Annalisa, Astolfi; Riccardo, Panzacchi; Donatella, Santini; Riccardo, Casadei; Claudio, Ricci; Giovanni, Tuffarelli; Giorgio, Ercolani; Nico, Pagano; Lucia, Calculli; Carla, Serra; Francesco, Minni; Antonio Daniele Pinna; Maria Abbondanza Pantaleo; Guido, Biasco
Characterization of pancreatic ductal adenocarcinoma using whole transcriptome sequencing and copy number analysis by single-nucleotide polymorphism array
2015 Di Marco, Mariacristina; Astolfi, Annalisa; Grassi, Elisa; Vecchiarelli, Silvia; Macchini, Marina; Indio, Valentina; Casadei, Riccardo; Ricci, Claudio; D'Ambra, Marielda; Taffurelli, Giovanni; Serra, Carla; Ercolani, Giorgio; Santini, Donatella; D'Errico, Antonia; Pinna, Antonio Daniele; Minni, Francesco; Durante, Sandra; Martella, Laura Raffaella; Biasco, Guido
Whole transcriptome sequencing identifies BCOR internal tandem duplication as a common feature of clear cell sarcoma of the kidney
2015 Astolfi, Annalisa; Melchionda, Fraia; Perotti, Daniela; Fois, Maura; Indio, Valentina; Urbini, Milena; Genovese, Chiara Giusy; Collini, Paola; Salfi, Nunzio; Nantron, Marilina; D'Angelo, Paolo; Spreafico, Filippo; Pession, Andrea
Identification of the NUP98-PHF23 fusion gene in pediatric cytogenetically normal acute myeloid leukemia by whole-transcriptome sequencing
2015 Togni, Marco; Masetti, Riccardo; Pigazzi, Martina; Astolfi, Annalisa; Zama, Daniele; Indio, Valentina; Serravalle, Salvatore; Manara, Elena; Bisio, Valeria; Rizzari, Carmelo; Basso, Giuseppe; Pession, Andrea; Locatelli, Franco
SDHC methylation in gastrointestinal stromal tumors (GIST): a case report
2015 Urbini, Milena; Astolfi, Annalisa; Indio, Valentina; Heinrich, Michael C; Corless, Christopher L; Nannini, Margherita; Ravegnini, Gloria; Biasco, Guido; Pantaleo, Maria A
Molecular characterization of metastatic exon 11 mutant gastrointestinal stromal tumors (GIST) beyond KIT/PDGFRα genotype evaluated by next generation sequencing (NGS)
2015 Saponara, Maristella; Urbini, Milena; Astolfi, Annalisa; Indio, Valentina; Ercolani, Giorgio; Del Gaudio, Massimo; Santini, Donatella; Pirini, Maria Giulia; Fiorentino, Michelangelo; Nannini, Margherita; Lolli, Cristian; Mandrioli, Anna; Gatto, Lidia; Brandi, Giovanni; Biasco, Guido; Pinna, Antonio Daniele; Pantaleo, Maria Abbondanza
Good survival outcome of metastatic SDH-deficient gastrointestinal stromal tumors harboring SDHA mutations
2015 Maria A. Pantaleo;Cristian Lolli;Margherita Nannini;Annalisa Astolfi;Valentina Indio;Maristella Saponara;Milena Urbini;Stefano La Rovere;Antony Gill;David Goldstein;Claudio Ceccarelli;Donatella Santini;Giulio Rossi;Michelangelo Fiorentino;Valerio Di Scioscio;Pietro Fusaroli;Anna Mandrioli;Lidia Gatto;Fausto Catena;Umberto Basso;Giorgio Ercolani;Antonio Daniele Pinna;Guido Biasco
Whole exome sequencing (WES) on formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tumor tissue in gastrointestinal stromal tumors (GIST)
2015 Astolfi, Annalisa; Urbini, Milena; Indio, Valentina; Nannini, Margherita; Genovese, Chiara Giusy; Santini, Donatella; Saponara, Maristella; Mandrioli, Anna; Ercolani, Giorgio; Brandi, Giovanni; Biasco, Guido; Pantaleo, Maria A
| Titolo | Autore(i) | Anno | Periodico | Editore | Tipo | File |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TPpred: a predictior of organelle-targeting peptides in eukaryotic proteins with Grammatical-Restrained Hidden Conditional Random Fields | Valentina Indio; Pier Luigi Martelli; Castrense Savojardo; Piero Fariselli; Rita Casadio | 2013-01-01 | - | - | 7.04 Software | - |
| Whole-transcriptome paired-end sequencing and the pancreatic cancer genetic landscape | Marina Macchini; Annalisa Astolfi; Valentina Indio; Silvia Vecchiarelli; Elisa Grassi; Carla Serr...a; Riccardo Casadei; Donatella Santini; Marielda D'Ambra; Claudio Ricci; Francesco Minni; Guido Biasco; Mariacristina Di Marco | 2013-01-01 | - | - | 4.03 Poster | - |
| Expression of IGF-1 receptor in KIT/PDGF receptor-α wild-type gastrointestinal stromal tumors with succinate dehydrogenase complex dysfunction. | Nannini M;Astolfi A;Paterini P;Urbini M;Santini D;Catena F;Indio V;Casadio R;Pinna AD;Biasco G;Pa...ntaleo MA | 2013-01-01 | FUTURE ONCOLOGY | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| The prediction of organelle-targeting peptides in eukaryotic proteins with Grammatical-Restrained Hidden Conditional Random Fields. | Indio V;Martelli PL;Savojardo C;Fariselli P;Casadio R | 2013-01-01 | BIOINFORMATICS | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| CBFA2T3-GLIS2 fusion transcript is a novel common feature in pediatric, cytogenetically normal AML, not restricted to FAB M7 subtype. | Masetti R; Pigazzi M; Togni M; Astolfi A; Indio V; Manara E; Casadio R; Pession A; Basso G; Locat...elli F | 2013-01-01 | BLOOD | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| Dystrophin deregulation is associated with tumor progression in KIT/PDGFRA mutant gastrointestinal stromal tumors. | M. A. Pantaleo;A. Astolfi;M. Urbini;F. Fuligni;M. Saponara;M. Nannini;C. Lolli;V. Indio;D. Santin...i;G. Ercolani;G. Brandi;A. D. Pinna;G. Biasco | 2014-01-01 | CLINICAL SARCOMA RESEARCH | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| Characterization of pancreatic ductal adenocarcinoma patients using whole-transcriptome sequencing and copy number analysis by SNPs array techniques. | Silvia Vecchiarelli;Mariacristina Di Marco; Annalisa Astolfi; Elisa Grassi; Valentina Indio; Mari...na Macchini; Claudio Ricci; Riccardo Casadei; Marielda D'Ambra; Carla Serra; Giorgio Ercolani; Donatella Santini; Antonietta D'Errico; Antonio Daniele Pinna; Francesco Minni; Guido Biasco | 2014-01-01 | PANCREATOLOGY | - | 4.03 Poster | - |
| Analysis of all subunits, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, of the succinate dehydrogenase complex in KIT/PDGFRA wild-type GIST. | Pantaleo MA;Astolfi A;Urbini M;Nannini M;Paterini P;Indio V;Saponara M;Formica S;Ceccarelli C;Cas...adio R;Rossi G;Bertolini F;Santini D;Pirini MG;Fiorentino M;Basso U;Biasco G | 2014-01-01 | EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| Whole transcriptome sequencing of a paediatric case of de novo acute myeloid leukaemia with del(5q) reveals RUNX1-USP42 and PRDM16-SKI fusion transcripts. | Masetti R;Togni M;Astolfi A;Pigazzi M;Indio V;Rivalta B;Manara E;Rutella S;Basso G;Pession A;Loca...telli F | 2014-01-01 | BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| Activity of sunitinib in extraskeletal myxoid chondrosarcoma. | Stacchiotti S;Pantaleo MA;Astolfi A;Dagrada GP;Negri T;Dei Tos AP;Indio V;Morosi C;Gronchi A;Colo...mbo C;Conca E;Toffolatti L;Tazzari M;Crippa F;Maestro R;Pilotti S;Casali PG | 2014-01-01 | EUROPEAN JOURNAL OF CANCER | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| Integrated genomic study of quadruple-WT GIST (KIT/PDGFRA/SDH/RAS pathway wild-type GIST) | Margherita Nannini;Annalisa Astolfi;Milena Urbini;Valentina Indio;Donatella Santini;Michael C Hei...nrich;Christopher L Corless;Claudio Ceccarelli;Maristella Saponara;Anna Mandrioli;Cristian Lolli;Giorgio Ercolani;Giovanni Brandi;Guido Biasco;Maria A Pantaleo | 2014-01-01 | BMC CANCER | - | 1.01 Articolo in rivista | 1471-2407-14-685.pdf |
| Discovery of new potentially actionable mutations in pancreatic ductal adenocarcinoma by next generation sequencing | Mariacristina, Di Marco; Sandra, Durante; Silvia, Vecchiarelli; Elisa, Grassi; Andrea, Palloni; V...alentina, Indio; Annalisa, Astolfi; Chiara, Giusy Genovese; Riccardo, Panzacchi; Donatella, Santini; Riccardo, Casadei; Claudio, Ricci; Giorgio, Ercolani; Nicola, Pagano; Lucia, Calculli; Carla, Serra; Francesco, Minni; Antonio, Daniele Pinna; Guido, Biasco | 2015-01-01 | PANCREATOLOGY | - | 1.06 Abstract in rivista | - |
| Discovery of new potential actionable mutations in pancreatic ductal adenocarcinoma by next generation sequencing | Mariacristina Di Marco; Sandra Durante; Silvia, Vecchiarelli; Elisa, Grassi; Andrea, Palloni; Val...entina, Indio; Annalisa, Astolfi; Riccardo, Panzacchi; Donatella, Santini; Riccardo, Casadei; Claudio, Ricci; Giovanni, Tuffarelli; Giorgio, Ercolani; Nico, Pagano; Lucia, Calculli; Carla, Serra; Francesco, Minni; Antonio Daniele Pinna; Maria Abbondanza Pantaleo; Guido, Biasco | 2015-01-01 | - | - | 4.03 Poster | - |
| Characterization of pancreatic ductal adenocarcinoma using whole transcriptome sequencing and copy number analysis by single-nucleotide polymorphism array | Di Marco, Mariacristina; Astolfi, Annalisa; Grassi, Elisa; Vecchiarelli, Silvia; Macchini, Marina...; Indio, Valentina; Casadei, Riccardo; Ricci, Claudio; D'Ambra, Marielda; Taffurelli, Giovanni; Serra, Carla; Ercolani, Giorgio; Santini, Donatella; D'Errico, Antonia; Pinna, Antonio Daniele; Minni, Francesco; Durante, Sandra; Martella, Laura Raffaella; Biasco, Guido | 2015-01-01 | MOLECULAR MEDICINE REPORTS | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| Whole transcriptome sequencing identifies BCOR internal tandem duplication as a common feature of clear cell sarcoma of the kidney | Astolfi, Annalisa; Melchionda, Fraia; Perotti, Daniela; Fois, Maura; Indio, Valentina; Urbini, Mi...lena; Genovese, Chiara Giusy; Collini, Paola; Salfi, Nunzio; Nantron, Marilina; D'Angelo, Paolo; Spreafico, Filippo; Pession, Andrea | 2015-01-01 | ONCOTARGET | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| Identification of the NUP98-PHF23 fusion gene in pediatric cytogenetically normal acute myeloid leukemia by whole-transcriptome sequencing | Togni, Marco; Masetti, Riccardo; Pigazzi, Martina; Astolfi, Annalisa; Zama, Daniele; Indio, Valen...tina; Serravalle, Salvatore; Manara, Elena; Bisio, Valeria; Rizzari, Carmelo; Basso, Giuseppe; Pession, Andrea; Locatelli, Franco | 2015-01-01 | JOURNAL OF HEMATOLOGY & ONCOLOGY | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| SDHC methylation in gastrointestinal stromal tumors (GIST): a case report | Urbini, Milena; Astolfi, Annalisa; Indio, Valentina; Heinrich, Michael C; Corless, Christopher L;... Nannini, Margherita; Ravegnini, Gloria; Biasco, Guido; Pantaleo, Maria A | 2015-01-01 | BMC MEDICAL GENETICS | - | 1.01 Articolo in rivista | s12881-015-0233-7.pdf |
| Molecular characterization of metastatic exon 11 mutant gastrointestinal stromal tumors (GIST) beyond KIT/PDGFRα genotype evaluated by next generation sequencing (NGS) | Saponara, Maristella; Urbini, Milena; Astolfi, Annalisa; Indio, Valentina; Ercolani, Giorgio; Del... Gaudio, Massimo; Santini, Donatella; Pirini, Maria Giulia; Fiorentino, Michelangelo; Nannini, Margherita; Lolli, Cristian; Mandrioli, Anna; Gatto, Lidia; Brandi, Giovanni; Biasco, Guido; Pinna, Antonio Daniele; Pantaleo, Maria Abbondanza | 2015-01-01 | ONCOTARGET | - | 1.01 Articolo in rivista | - |
| Good survival outcome of metastatic SDH-deficient gastrointestinal stromal tumors harboring SDHA mutations | Maria A. Pantaleo;Cristian Lolli;Margherita Nannini;Annalisa Astolfi;Valentina Indio;Maristella S...aponara;Milena Urbini;Stefano La Rovere;Antony Gill;David Goldstein;Claudio Ceccarelli;Donatella Santini;Giulio Rossi;Michelangelo Fiorentino;Valerio Di Scioscio;Pietro Fusaroli;Anna Mandrioli;Lidia Gatto;Fausto Catena;Umberto Basso;Giorgio Ercolani;Antonio Daniele Pinna;Guido Biasco | 2015-01-01 | GENETICS IN MEDICINE | - | 1.01 Articolo in rivista | gim2014115a.pdf |
| Whole exome sequencing (WES) on formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tumor tissue in gastrointestinal stromal tumors (GIST) | Astolfi, Annalisa; Urbini, Milena; Indio, Valentina; Nannini, Margherita; Genovese, Chiara Giusy;... Santini, Donatella; Saponara, Maristella; Mandrioli, Anna; Ercolani, Giorgio; Brandi, Giovanni; Biasco, Guido; Pantaleo, Maria A | 2015-01-01 | BMC GENOMICS | - | 1.01 Articolo in rivista | s12864-015-1982-6.pdf |
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