Five SARS-CoV-2-positive samples showed N-gene drop-out with a RT-PCR multiplex test. WGS found all samples to harbor a deletion in the same region of the N gene, which is likely to impair the efficiency of amplification. This highlights the need for a continued surveillance of viral evolution and diagnostic test performance.

A deletion in the N gene may cause diagnostic escape in SARS-CoV-2 samples

Zannoli S.;Dirani G.;Arfilli V.;Battisti A.;Sambri V.
2022

Abstract

Five SARS-CoV-2-positive samples showed N-gene drop-out with a RT-PCR multiplex test. WGS found all samples to harbor a deletion in the same region of the N gene, which is likely to impair the efficiency of amplification. This highlights the need for a continued surveillance of viral evolution and diagnostic test performance.
Zannoli S.; Dirani G.; Taddei F.; Gatti G.; Poggianti I.; Denicolo A.; Arfilli V.; Manera M.; Mancini A.; Battisti A.; Sambri V.
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