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The PLUMED consortium unifies developers and contributors to PLUMED, an open-source library for enhanced-sampling, free-energy calculations and the analysis of molecular dynamics simulations. Here, we outline our efforts to promote transparency and reproducibility by disseminating protocols for enhanced-sampling molecular simulations.
Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations / Massimiliano Bonomi, Giovanni Bussi, Carlo Camilloni, Gareth A. Tribello, Pavel Banáš, Alessandro Barducci, Mattia Bernetti, Peter G. Bolhuis, Sandro Bottaro, Davide Branduardi, Riccardo Capelli, Paolo Carloni, Michele Ceriotti, Andrea Cesari, Haochuan Chen, Wei Chen, Francesco Colizzi, Sandip De, Marco De La Pierre, Davide Donadio, Viktor Drobot, Bernd Ensing, Andrew L. Ferguson, Marta Filizola, James S. Fraser, Haohao Fu, Piero Gasparotto, Francesco Luigi Gervasio, Federico Giberti, Alejandro Gil-Ley, Toni Giorgino, Gabriella T. Heller, Glen M. Hocky, Marcella Iannuzzi, Michele Invernizzi, Kim E. Jelfs, Alexander Jussupow, Evgeny Kirilin, Alessandro Laio, Vittorio Limongelli, Kresten Lindorff-Larsen, Thomas Löhr, Fabrizio Marinelli, Layla Martin-Samos, Matteo Masetti, Ralf Meyer, Angelos Michaelides, Carla Molteni, Tetsuya Morishita, Marco Nava, Cristina Paissoni, Elena Papaleo, Michele Parrinello, Jim Pfaendtner, Pablo Piaggi, GiovanniMaria Piccini, Adriana Pietropaolo, Fabio Pietrucci, Silvio Pipolo, Davide Provasi, David Quigley, Paolo Raiteri, Stefano Raniolo, Jakub Rydzewski, Matteo Salvalaglio, Gabriele Cesare Sosso, Vojtěch Spiwok, Jiří Šponer, David W. H. Swenson, Pratyush Tiwary, Omar Valsson, Michele Vendruscolo, Gregory A. Voth & Andrew White. - In: NATURE METHODS. - ISSN 1548-7091. - ELETTRONICO. - 16:8(2019), pp. 670-673. [10.1038/s41592-019-0506-8]
Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations
Massimiliano Bonomi;Giovanni Bussi;Carlo Camilloni;Gareth A. Tribello;Pavel Banáš;Alessandro Barducci;Mattia Bernetti;Peter G. Bolhuis;Sandro Bottaro;Davide Branduardi;Riccardo Capelli;Paolo Carloni;Michele Ceriotti;Andrea Cesari;Haochuan Chen;Wei Chen;Francesco Colizzi;Sandip De;Marco De La Pierre;Davide Donadio;Viktor Drobot;Bernd Ensing;Andrew L. Ferguson;Marta Filizola;James S. Fraser;Haohao Fu;Piero Gasparotto;Francesco Luigi Gervasio;Federico Giberti;Alejandro Gil-Ley;Toni Giorgino;Gabriella T. Heller;Glen M. Hocky;Marcella Iannuzzi;Michele Invernizzi;Kim E. Jelfs;Alexander Jussupow;Evgeny Kirilin;Alessandro Laio;Vittorio Limongelli;Kresten Lindorff-Larsen;Thomas Löhr;Fabrizio Marinelli;Layla Martin-Samos;Matteo Masetti;Ralf Meyer;Angelos Michaelides;Carla Molteni;Tetsuya Morishita;Marco Nava;Cristina Paissoni;Elena Papaleo;Michele Parrinello;Jim Pfaendtner;Pablo Piaggi;GiovanniMaria Piccini;Adriana Pietropaolo;Fabio Pietrucci;Silvio Pipolo;Davide Provasi;David Quigley;Paolo Raiteri;Stefano Raniolo;Jakub Rydzewski;Matteo Salvalaglio;Gabriele Cesare Sosso;Vojtěch Spiwok;Jiří Šponer;David W. H. Swenson;Pratyush Tiwary;Omar Valsson;Michele Vendruscolo;Gregory A. Voth &;Andrew White
2019
Abstract
The PLUMED consortium unifies developers and contributors to PLUMED, an open-source library for enhanced-sampling, free-energy calculations and the analysis of molecular dynamics simulations. Here, we outline our efforts to promote transparency and reproducibility by disseminating protocols for enhanced-sampling molecular simulations.
Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations / Massimiliano Bonomi, Giovanni Bussi, Carlo Camilloni, Gareth A. Tribello, Pavel Banáš, Alessandro Barducci, Mattia Bernetti, Peter G. Bolhuis, Sandro Bottaro, Davide Branduardi, Riccardo Capelli, Paolo Carloni, Michele Ceriotti, Andrea Cesari, Haochuan Chen, Wei Chen, Francesco Colizzi, Sandip De, Marco De La Pierre, Davide Donadio, Viktor Drobot, Bernd Ensing, Andrew L. Ferguson, Marta Filizola, James S. Fraser, Haohao Fu, Piero Gasparotto, Francesco Luigi Gervasio, Federico Giberti, Alejandro Gil-Ley, Toni Giorgino, Gabriella T. Heller, Glen M. Hocky, Marcella Iannuzzi, Michele Invernizzi, Kim E. Jelfs, Alexander Jussupow, Evgeny Kirilin, Alessandro Laio, Vittorio Limongelli, Kresten Lindorff-Larsen, Thomas Löhr, Fabrizio Marinelli, Layla Martin-Samos, Matteo Masetti, Ralf Meyer, Angelos Michaelides, Carla Molteni, Tetsuya Morishita, Marco Nava, Cristina Paissoni, Elena Papaleo, Michele Parrinello, Jim Pfaendtner, Pablo Piaggi, GiovanniMaria Piccini, Adriana Pietropaolo, Fabio Pietrucci, Silvio Pipolo, Davide Provasi, David Quigley, Paolo Raiteri, Stefano Raniolo, Jakub Rydzewski, Matteo Salvalaglio, Gabriele Cesare Sosso, Vojtěch Spiwok, Jiří Šponer, David W. H. Swenson, Pratyush Tiwary, Omar Valsson, Michele Vendruscolo, Gregory A. Voth & Andrew White. - In: NATURE METHODS. - ISSN 1548-7091. - ELETTRONICO. - 16:8(2019), pp. 670-673. [10.1038/s41592-019-0506-8]
Massimiliano Bonomi, Giovanni Bussi, Carlo Camilloni, Gareth A. Tribello, Pavel Banáš, Alessandro Barducci, Mattia Bernetti, Peter G. Bolhuis, Sandro Bottaro, Davide Branduardi, Riccardo Capelli, Paolo Carloni, Michele Ceriotti, Andrea Cesari, Haochuan Chen, Wei Chen, Francesco Colizzi, Sandip De, Marco De La Pierre, Davide Donadio, Viktor Drobot, Bernd Ensing, Andrew L. Ferguson, Marta Filizola, James S. Fraser, Haohao Fu, Piero Gasparotto, Francesco Luigi Gervasio, Federico Giberti, Alejandro Gil-Ley, Toni Giorgino, Gabriella T. Heller, Glen M. Hocky, Marcella Iannuzzi, Michele Invernizzi, Kim E. Jelfs, Alexander Jussupow, Evgeny Kirilin, Alessandro Laio, Vittorio Limongelli, Kresten Lindorff-Larsen, Thomas Löhr, Fabrizio Marinelli, Layla Martin-Samos, Matteo Masetti, Ralf Meyer, Angelos Michaelides, Carla Molteni, Tetsuya Morishita, Marco Nava, Cristina Paissoni, Elena Papaleo, Michele Parrinello, Jim Pfaendtner, Pablo Piaggi, GiovanniMaria Piccini, Adriana Pietropaolo, Fabio Pietrucci, Silvio Pipolo, Davide Provasi, David Quigley, Paolo Raiteri, Stefano Raniolo, Jakub Rydzewski, Matteo Salvalaglio, Gabriele Cesare Sosso, Vojtěch Spiwok, Jiří Šponer, David W. H. Swenson, Pratyush Tiwary, Omar Valsson, Michele Vendruscolo, Gregory A. Voth & Andrew White
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11585/693779
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
