Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA/INSERISCI in fondo alla pagina
CRIS Current Research Information System
We performed an extensive immunogenomic analysis of more than 10,000 tumors comprising 33 diverse cancer types by utilizing data compiled by TCGA. Across cancer types, we identified six immune subtypes—wound healing, IFN-γ dominant, inflammatory, lymphocyte depleted, immunologically quiet, and TGF-β dominant—characterized by differences in macrophage or lymphocyte signatures, Th1:Th2 cell ratio, extent of intratumoral heterogeneity, aneuploidy, extent of neoantigen load, overall cell proliferation, expression of immunomodulatory genes, and prognosis. Specific driver mutations correlated with lower (CTNNB1, NRAS, or IDH1) or higher (BRAF, TP53, or CASP8) leukocyte levels across all cancers. Multiple control modalities of the intracellular and extracellular networks (transcription, microRNAs, copy number, and epigenetic processes) were involved in tumor-immune cell interactions, both across and within immune subtypes. Our immunogenomics pipeline to characterize these heterogeneous tumors and the resulting data are intended to serve as a resource for future targeted studies to further advance the field. Thorsson et al. present immunogenomics analyses of more than 10,000 tumors, identifying six immune subtypes that encompass multiple cancer types and are hypothesized to define immune response patterns impacting prognosis. This work provides a resource for understanding tumor-immune interactions, with implications for identifying ways to advance research on immunotherapy.
Thorsson V., Gibbs D.L., Brown S.D., Wolf D., Bortone D.S., Ou Yang T.-H., et al. (2018). The Immune Landscape of Cancer. IMMUNITY, 48(4), 812-830 [10.1016/j.immuni.2018.03.023].
The Immune Landscape of Cancer
Thorsson V.
Conceptualization
;Gibbs D. L.;Brown S. D.;Wolf D.;Bortone D. S.;Ou Yang T. -H.;Porta-Pardo E.;Gao G. F.;Plaisier C. L.;Eddy J. A.;Ziv E.;Culhane A. C.;Paull E. O.;Sivakumar I. K. A.;Gentles A. J.;Malhotra R.;Farshidfar F.;Colaprico A.;Parker J. S.;Mose L. E.;Vo N. S.;Liu J.;Liu Y.;Rader J.;Dhankani V.;Reynolds S. M.;Bowlby R.;Califano A.;Cherniack A. D.;Anastassiou D.;Bedognetti D.;Rao A.;Chen K.;Krasnitz A.;Hu H.;Malta T. M.;Noushmehr H.;Pedamallu C. S.;Bullman S.;Ojesina A. I.;Lamb A.;Zhou W.;Shen H.;Choueiri T. K.;Weinstein J. N.;Guinney J.;Saltz J.;Holt R. A.;Rabkin C. E.;Caesar-Johnson S. J.;Demchok J. A.;Felau I.;Kasapi M.;Ferguson M. L.;Hutter C. M.;Sofia H. J.;Tarnuzzer R.;Wang Z.;Yang L.;Zenklusen J. C.;Zhang J. J.;Chudamani S.;Liu J.;Lolla L.;Naresh R.;Pihl T.;Sun Q.;Wan Y.;Wu Y.;Cho J.;DeFreitas T.;Frazer S.;Gehlenborg N.;Getz G.;Heiman D. I.;Kim J.;Lawrence M. S.;Lin P.;Meier S.;Noble M. S.;Saksena G.;Voet D.;Zhang H.;Bernard B.;Chambwe N.;Dhankani V.;Knijnenburg T.;Kramer R.;Leinonen K.;Liu Y.;Miller M.;Reynolds S.;Shmulevich I.;Thorsson V.;Zhang W.;Akbani R.;Broom B. M.;Hegde A. M.;Ju Z.;Kanchi R. S.;Korkut A.;Li J.;Liang H.;Ling S.;Liu W.;Lu Y.;Mills G. B.;Ng K. -S.;Rao A.;Ryan M.;Wang J.;Weinstein J. N.;Zhang J.;Abeshouse A.;Armenia J.;Chakravarty D.;Chatila W. K.;de Bruijn I.;Gao J.;Gross B. E.;Heins Z. J.;Kundra R.;La K.;Ladanyi M.;Luna A.;Nissan M. G.;Ochoa A.;Phillips S. M.;Reznik E.;Sanchez-Vega F.;Sander C.;Schultz N.;Sheridan R.;Sumer S. O.;Sun Y.;Taylor B. S.;Wang J.;Zhang H.;Anur P.;Peto M.;Spellman P.;Benz C.;Stuart J. M.;Wong C. K.;Yau C.;Hayes D. N.;Parker J. S.;Wilkerson M. D.;Ally A.;Balasundaram M.;Bowlby R.;Brooks D.;Carlsen R.;Chuah E.;Dhalla N.;Jones S. J. M.;Kasaian K.;Lee D.;Ma Y.;Marra M. A.;Mayo M.;Moore R. A.;Mungall A. J.;Mungall K.;Robertson A. G.;Sadeghi S.;Schein J. E.;Sipahimalani P.;Tam A.;Thiessen N.;Tse K.;Wong T.;Berger A. C.;Beroukhim R.;Cherniack A. D.;Cibulskis C.;Gabriel S. B.;Gao G. F.;Ha G.;Meyerson M.;Schumacher S. E.;Shih J.;Kucherlapati M. H.;Kucherlapati R. S.;Baylin S.;Cope L.;Danilova L.;Bootwalla M. S.;Lai P. H.;Maglinte D. T.;Van Den Berg D. J.;Weisenberger D. J.;Auman J. T.;Balu S.;Bodenheimer T.;Fan C.;Hoadley K. A.;Hoyle A. P.;Jefferys S. R.;Jones C. D.;Meng S.;Mieczkowski P. A.;Mose L. E.;Perou A. H.;Perou C. M.;Roach J.;Shi Y.;Simons J. V.;Skelly T.;Soloway M. G.;Tan D.;Veluvolu U.;Fan H.;Hinoue T.;Laird P. W.;Shen H.;Zhou W.;Bellair M.;Chang K.;Covington K.;Creighton C. J.;Dinh H.;Doddapaneni H.;Donehower L. A.;Drummond J.;Gibbs R. A.;Glenn R.;Hale W.;Han Y.;Hu J.;Korchina V.;Lee S.;Lewis L.;Li W.;Liu X.;Morgan M.;Morton D.;Muzny D.;Santibanez J.;Sheth M.;Shinbrot E.;Wang L.;Wang M.;Wheeler D. A.;Xi L.;Zhao F.;Hess J.;Appelbaum E. L.;Bailey M.;Cordes M. G.;Ding L.;Fronick C. C.;Fulton L. A.;Fulton R. S.;Kandoth C.;Mardis E. R.;McLellan M. D.;Miller C. A.;Schmidt H. K.;Wilson R. K.;Crain D.;Curley E.;Gardner J.;Lau K.;Mallery D.;Morris S.;Paulauskis J.;Penny R.;Shelton C.;Shelton T.;Sherman M.;Thompson E.;Yena P.;Bowen J.;Gastier-Foster J. M.;Gerken M.;Leraas K. M.;Lichtenberg T. M.;Ramirez N. C.;Wise L.;Zmuda E.;Corcoran N.;Costello T.;Hovens C.;Carvalho A. L.;de Carvalho A. C.;Fregnani J. H.;Longatto-Filho A.;Reis R. M.;Scapulatempo-Neto C.;Silveira H. C. S.;Vidal D. O.;Burnette A.;Eschbacher J.;Hermes B.;Noss A.;Singh R.;Anderson M. L.;Castro P. D.;Ittmann M.;Huntsman D.;Kohl B.;Le X.;Thorp R.;Andry C.;Duffy E. R.;Lyadov V.;Paklina O.;Setdikova G.;Shabunin A.;Tavobilov M.;McPherson C.;Warnick R.;Berkowitz R.;Cramer D.;Feltmate C.;Horowitz N.;Kibel A.;Muto M.;Raut C. P.;Malykh A.;Barnholtz-Sloan J. S.;Barrett W.;Devine K.;Fulop J.;Ostrom Q. T.;Shimmel K.;Wolinsky Y.;Sloan A. E.;De Rose A.;Giuliante F.;Goodman M.;Karlan B. Y.;Hagedorn C. H.;Eckman J.;Harr J.;Myers J.;Tucker K.;Zach L. A.;Deyarmin B.;Hu H.;Kvecher L.;Larson C.;Mural R. J.;Somiari S.;Vicha A.;Zelinka T.;Bennett J.;Iacocca M.;Rabeno B.;Swanson P.;Latour M.;Lacombe L.;Tetu B.;Bergeron A.;McGraw M.;Staugaitis S. M.;Chabot J.;Hibshoosh H.;Sepulveda A.;Su T.;Wang T.;Potapova O.;Voronina O.;Desjardins L.;Mariani O.;Roman-Roman S.;Sastre X.;Stern M. -H.;Cheng F.;Signoretti S.;Berchuck A.;Bigner D.;Lipp E.;Marks J.;McCall S.;McLendon R.;Secord A.;Sharp A.;Behera M.;Brat D. J.;Chen A.;Delman K.;Force S.;Khuri F.;Magliocca K.;Maithel S.;Olson J. J.;Owonikoko T.;Pickens A.;Ramalingam S.;Shin D. M.;Sica G.;Van Meir E. G.;Zhang H.;Eijckenboom W.;Gillis A.;Korpershoek E.;Looijenga L.;Oosterhuis W.;Stoop H.;van Kessel K. E.;Zwarthoff E. C.;Calatozzolo C.;Cuppini L.;Cuzzubbo S.;DiMeco F.;Finocchiaro G.;Mattei L.;Perin A.;Pollo B.;Chen C.;Houck J.;Lohavanichbutr P.;Hartmann A.;Stoehr C.;Stoehr R.;Taubert H.;Wach S.;Wullich B.;Kycler W.;Murawa D.;Wiznerowicz M.;Chung K.;Edenfield W. J.;Martin J.;Baudin E.;Bubley G.;Bueno R.;De Rienzo A.;Richards W. G.;Kalkanis S.;Mikkelsen T.;Noushmehr H.;Scarpace L.;Girard N.;Aymerich M.;Campo E.;Gine E.;Guillermo A. L.;Van Bang N.;Hanh P. T.;Phu B. D.;Tang Y.;Colman H.;Evason K.;Dottino P. R.;Martignetti J. A.;Gabra H.;Juhl H.;Akeredolu T.;Stepa S.;Hoon D.;Ahn K.;Kang K. J.;Beuschlein F.;Breggia A.;Birrer M.;Bell D.;Borad M.;Bryce A. H.;Castle E.;Chandan V.;Cheville J.;Copland J. A.;Farnell M.;Flotte T.;Giama N.;Ho T.;Kendrick M.;Kocher J. -P.;Kopp K.;Moser C.;Nagorney D.;O'Brien D.;O'Neill B. P.;Patel T.;Petersen G.;Que F.;Rivera M.;Roberts L.;Smallridge R.;Smyrk T.;Stanton M.;Thompson R. H.;Torbenson M.;Yang J. D.;Zhang L.;Brimo F.;Ajani J. A.;Gonzalez A. M. A.;Behrens C.;Bondaruk J.;Broaddus R.;Czerniak B.;Esmaeli B.;Fujimoto J.;Gershenwald J.;Guo C.;Lazar A. J.;Logothetis C.;Meric-Bernstam F.;Moran C.;Ramondetta L.;Rice D.;Sood A.;Tamboli P.;Thompson T.;Troncoso P.;Tsao A.;Wistuba I.;Carter C.;Haydu L.;Hersey P.;Jakrot V.;Kakavand H.;Kefford R.;Lee K.;Long G.;Mann G.;Quinn M.;Saw R.;Scolyer R.;Shannon K.;Spillane A.;Stretch O.;Synott M.;Thompson J.;Wilmott J.;Al-Ahmadie H.;Chan T. A.;Ghossein R.;Gopalan A.;Levine D. A.;Reuter V.;Singer S.;Singh B.;Tien N. V.;Broudy T.;Mirsaidi C.;Nair P.;Drwiega P.;Miller J.;Smith J.;Zaren H.;Park J. -W.;Hung N. P.;Kebebew E.;Linehan W. M.;Metwalli A. R.;Pacak K.;Pinto P. A.;Schiffman M.;Schmidt L. S.;Vocke C. D.;Wentzensen N.;Worrell R.;Yang H.;Moncrieff M.;Goparaju C.;Melamed J.;Pass H.;Botnariuc N.;Caraman I.;Cernat M.;Chemencedji I.;Clipca A.;Doruc S.;Gorincioi G.;Mura S.;Pirtac M.;Stancul I.;Tcaciuc D.;Albert M.;Alexopoulou I.;Arnaout A.;Bartlett J.;Engel J.;Gilbert S.;Parfitt J.;Sekhon H.;Thomas G.;Rassl D. M.;Rintoul R. C.;Bifulco C.;Tamakawa R.;Urba W.;Hayward N.;Timmers H.;Antenucci A.;Facciolo F.;Grazi G.;Marino M.;Merola R.;de Krijger R.;Gimenez-Roqueplo A. -P.;Piche A.;Chevalier S.;McKercher G.;Birsoy K.;Barnett G.;Brewer C.;Farver C.;Naska T.;Pennell N. A.;Raymond D.;Schilero C.;Smolenski K.;Williams F.;Morrison C.;Borgia J. A.;Liptay M. J.;Pool M.;Seder C. W.;Junker K.;Omberg L.;Dinkin M.;Manikhas G.;Alvaro D.;Bragazzi M. C.;Cardinale V.;Carpino G.;Gaudio E.;Chesla D.;Cottingham S.;Dubina M.;Moiseenko F.;Dhanasekaran R.;Becker K. -F.;Janssen K. -P.;Slotta-Huspenina J.;Abdel-Rahman M. H.;Aziz D.;Bell S.;Cebulla C. M.;Davis A.;Duell R.;Elder J. B.;Hilty J.;Kumar B.;Lang J.;Lehman N. L.;Mandt R.;Nguyen P.;Pilarski R.;Rai K.;Schoenfield L.;Senecal K.;Wakely P.;Hansen P.;Lechan R.;Powers J.;Tischler A.;Grizzle W. E.;Sexton K. C.;Kastl A.;Henderson J.;Porten S.;Waldmann J.;Fassnacht M.;Asa S. L.;Schadendorf D.;Couce M.;Graefen M.;Huland H.;Sauter G.;Schlomm T.;Simon R.;Tennstedt P.;Olabode O.;Nelson M.;Bathe O.;Carroll P. R.;Chan J. M.;Disaia P.;Glenn P.;Kelley R. K.;Landen C. N.;Phillips J.;Prados M.;Simko J.;Smith-McCune K.;VandenBerg S.;Roggin K.;Fehrenbach A.;Kendler A.;Sifri S.;Steele R.;Jimeno A.;Carey F.;Forgie I.;Mannelli M.;Carney M.;Hernandez B.;Campos B.;Herold-Mende C.;Jungk C.;Unterberg A.;von Deimling A.;Bossler A.;Galbraith J.;Jacobus L.;Knudson M.;Knutson T.;Ma D.;Milhem M.;Sigmund R.;Godwin A. K.;Madan R.;Rosenthal H. G.;Adebamowo C.;Adebamowo S. N.;Boussioutas A.;Beer D.;Giordano T.;Mes-Masson A. -M.;Saad F.;Bocklage T.;Landrum L.;Mannel R.;Moore K.;Moxley K.;Postier R.;Walker J.;Zuna R.;Feldman M.;Valdivieso F.;Dhir R.;Luketich J.;Pinero E. M. M.;Quintero-Aguilo M.;Carlotti C. G.;Dos Santos J. S.;Kemp R.;Sankarankuty A.;Tirapelli D.;Catto J.;Agnew K.;Swisher E.;Creaney J.;Robinson B.;Shelley C. S.;Godwin E. M.;Kendall S.;Shipman C.;Bradford C.;Carey T.;Haddad A.;Moyer J.;Peterson L.;Prince M.;Rozek L.;Wolf G.;Bowman R.;Fong K. M.;Yang I.;Korst R.;Rathmell W. K.;Fantacone-Campbell J. L.;Hooke J. A.;Kovatich A. J.;Shriver C. D.;DiPersio J.;Drake B.;Govindan R.;Heath S.;Ley T.;Van Tine B.;Westervelt P.;Rubin M. A.;Lee J. I.;Aredes N. D.;Mariamidze A.;Serody J. S.;Demicco E. G.;Disis M. L.;Vincent B. G.;Shmulevich L.
2018
Abstract
We performed an extensive immunogenomic analysis of more than 10,000 tumors comprising 33 diverse cancer types by utilizing data compiled by TCGA. Across cancer types, we identified six immune subtypes—wound healing, IFN-γ dominant, inflammatory, lymphocyte depleted, immunologically quiet, and TGF-β dominant—characterized by differences in macrophage or lymphocyte signatures, Th1:Th2 cell ratio, extent of intratumoral heterogeneity, aneuploidy, extent of neoantigen load, overall cell proliferation, expression of immunomodulatory genes, and prognosis. Specific driver mutations correlated with lower (CTNNB1, NRAS, or IDH1) or higher (BRAF, TP53, or CASP8) leukocyte levels across all cancers. Multiple control modalities of the intracellular and extracellular networks (transcription, microRNAs, copy number, and epigenetic processes) were involved in tumor-immune cell interactions, both across and within immune subtypes. Our immunogenomics pipeline to characterize these heterogeneous tumors and the resulting data are intended to serve as a resource for future targeted studies to further advance the field. Thorsson et al. present immunogenomics analyses of more than 10,000 tumors, identifying six immune subtypes that encompass multiple cancer types and are hypothesized to define immune response patterns impacting prognosis. This work provides a resource for understanding tumor-immune interactions, with implications for identifying ways to advance research on immunotherapy.
Thorsson V., Gibbs D.L., Brown S.D., Wolf D., Bortone D.S., Ou Yang T.-H., et al. (2018). The Immune Landscape of Cancer. IMMUNITY, 48(4), 812-830 [10.1016/j.immuni.2018.03.023].
Thorsson V.; Gibbs D.L.; Brown S.D.; Wolf D.; Bortone D.S.; Ou Yang T.-H.; Porta-Pardo E.; Gao G.F.; Plaisier C.L.; Eddy J.A.; Ziv E.; Culhane A.C.; P...espandi
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11585/743047
Citazioni
2613
4044
517
social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
