Meta-analysis of genome-wide association studies discovers multiple loci for chronic lymphocytic leukemia

Berndt, S. I.; Camp, N. J.; Skibola, C. F.; Vijai, J.; Wang, Z.; Gu, J.; Nieters, A.; Kelly, R. S.; Smedby, K. E.; Monnereau, A.; Cozen, W.; Cox, A.; Wang, S. S.; Lan, Q.; Teras, L. R.; Machado, M.; Yeager, M.; Brooks-Wilson, A. R.; Hartge, P.; Purdue, M. P.; Birmann, B. M.; Vajdic, C. M.; Cocco, P.; Zhang, Y.; Giles, G. G.; Zeleniuch-Jacquotte, A.; Lawrence, C.; Montalvan, R.; Burdett, L.; Hutchinson, A.; Ye, Y.; Call, T. G.; Shanafelt, T. D.; Novak, A. J.; Kay, N. E.; Liebow, M.; Cunningham, J. M.; Allmer, C.; Hjalgrim, H.; Adami, H. -O.; Melbye, M.; Glimelius, B.; Chang, E. T.; Glenn, M.; Curtin, K.; Cannon-Albright, L. A.; Diver, W. R.; Link, B. K.; Weiner, G. J.; Conde, L.; Bracci, P. M.; Riby, J.; Arnett, D. K.; Zhi, D.; Leach, J. M.; Holly, E. A.; Jackson, R. D.; Tinker, L. F.; Benavente, Y.; Sala, N.; Casabonne, D.; Becker, N.; Boffetta, P.; Brennan, P.; Foretova, L.; Maynadie, M.; Mckay, J.; Staines, A.; Chaffee, K. G.; Achenbach, S. J.; Vachon, C. M.; Goldin, L. R.; Strom, S. S.; Leis, J. F.; Weinberg, J. B.; Caporaso, N. E.; Norman, A. D.; De Roos, A. J.; Morton, L. M.; Severson, R. K.; Riboli, E.; Vineis, P.; Kaaks, R.; Masala, G.; Weiderpass, E.; Chirlaque, M. -D.; Vermeulen, R. C. H.; Travis, R. C.; Southey, M. C.; Milne, R. L.; Albanes, D.; Virtamo, J.; Weinstein, S.; Clavel, J.; Zheng, T.; Holford, T. R.; Villano, D. J.; Maria, A.; Spinelli, J. J.; Gascoyne, R. D.; Connors, J. M.; Bertrand, K. A.; Giovannucci, E.; Kraft, P.; Kricker, A.; Turner, J.; Ennas, M. G.; Ferri, G. M.; Miligi, L.; Liang, L.; Ma, B.; Huang, J.; Crouch, S.; Park, J. -H.; Chatterjee, N.; North, K. E.; Snowden, J. A.; Wright, J.; Fraumeni, J. F.; Offit, K.; Wu, X.; De Sanjose, S.; Cerhan, J. R.; Chanock, S. J.; Rothman, N.; Slager, S. L.

doi:10.1038/ncomms10933

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a common lymphoid malignancy with strong heritability. To further understand the genetic susceptibility for CLL and identify common loci associated with risk, we conducted a meta-analysis of four genome-wide association studies (GWAS) composed of 3,100 cases and 7,667 controls with follow-up replication in 1,958 cases and 5,530 controls. Here we report three new loci at 3p24.1 (rs9880772, EOMES, P=2.55 × 10-11), 6p25.2 (rs73718779, SERPINB6, P=1.97 × 10-8) and 3q28 (rs9815073, LPP, P=3.62 × 10-8), as well as a new independent SNP at the known 2q13 locus (rs9308731, BCL2L11, P=1.00 × 10-11) in the combined analysis. We find suggestive evidence (P<5 × 10-7) for two additional new loci at 4q24 (rs10028805, BANK1, P=7.19 × 10-8) and 3p22.2 (rs1274963, CSRNP1, P=2.12 × 10-7). Pathway analyses of new and known CLL loci consistently show a strong role for apoptosis, providing further evidence for the importance of this biological pathway in CLL susceptibility.

Meta-analysis of genome-wide association studies discovers multiple loci for chronic lymphocytic leukemia / Berndt, S.I.; Camp, N.J.; Skibola, C.F.; Vijai, J.; Wang, Z.; Gu, J.; Nieters, A.; Kelly, R.S.; Smedby, K.E.; Monnereau, A.; Cozen, W.; Cox, A.; Wang, S.S.; Lan, Q.; Teras, L.R.; Machado, M.; Yeager, M.; Brooks-Wilson, A.R.; Hartge, P.; Purdue, M.P.; Birmann, B.M.; Vajdic, C.M.; Cocco, P.; Zhang, Y.; Giles, G.G.; Zeleniuch-Jacquotte, A.; Lawrence, C.; Montalvan, R.; Burdett, L.; Hutchinson, A.; Ye, Y.; Call, T.G.; Shanafelt, T.D.; Novak, A.J.; Kay, N.E.; Liebow, M.; Cunningham, J.M.; Allmer, C.; Hjalgrim, H.; Adami, H.-O.; Melbye, M.; Glimelius, B.; Chang, E.T.; Glenn, M.; Curtin, K.; Cannon-Albright, L.A.; Diver, W.R.; Link, B.K.; Weiner, G.J.; Conde, L.; Bracci, P.M.; Riby, J.; Arnett, D.K.; Zhi, D.; Leach, J.M.; Holly, E.A.; Jackson, R.D.; Tinker, L.F.; Benavente, Y.; Sala, N.; Casabonne, D.; Becker, N.; Boffetta, P.; Brennan, P.; Foretova, L.; Maynadie, M.; McKay, J.; Staines, A.; Chaffee, K.G.; Achenbach, S.J.; Vachon, C.M.; Goldin, L.R.; Strom, S.S.; Leis, J.F.; Weinberg, J.B.; Caporaso, N.E.; Norman, A.D.; De Roos, A.J.; Morton, L.M.; Severson, R.K.; Riboli, E.; Vineis, P.; Kaaks, R.; Masala, G.; Weiderpass, E.; Chirlaque, M.-D.; Vermeulen, R.C.H.; Travis, R.C.; Southey, M.C.; Milne, R.L.; Albanes, D.; Virtamo, J.; Weinstein, S.; Clavel, J.; Zheng, T.; Holford, T.R.; Villano, D.J.; Maria, A.; Spinelli, J.J.; Gascoyne, R.D.; Connors, J.M.; Bertrand, K.A.; Giovannucci, E.; Kraft, P.; Kricker, A.; Turner, J.; Ennas, M.G.; Ferri, G.M.; Miligi, L.; Liang, L.; Ma, B.; Huang, J.; Crouch, S.; Park, J.-H.; Chatterjee, N.; North, K.E.; Snowden, J.A.; Wright, J.; Fraumeni, J.F.; Offit, K.; Wu, X.; De Sanjose, S.; Cerhan, J.R.; Chanock, S.J.; Rothman, N.; Slager, S.L.. - In: NATURE COMMUNICATIONS. - ISSN 2041-1723. - ELETTRONICO. - 7:(2016), pp. 1-9. [10.1038/ncomms10933]