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A QM/MM study has been carried out to clarify the catalytic mechanism of the enzyme diaminopimelate (DAP) epimerase. In particular the potential energy surface (PES) for the stereo‐inversion of the distal Cα of the substrate has been has been investigated. The nature of the critical points located on the PES has been checked by numerical frequencies calculations. The role of the various aminoacid residues in the catalysis has been elucidated using a recently developed analysis method.
The Catalytic Activity of Diaminopimelate Epimerase: a QM/MM Study
A QM/MM study has been carried out to clarify the catalytic mechanism of the enzyme diaminopimelate (DAP) epimerase. In particular the potential energy surface (PES) for the stereo‐inversion of the distal Cα of the substrate has been has been investigated. The nature of the critical points located on the PES has been checked by numerical frequencies calculations. The role of the various aminoacid residues in the catalysis has been elucidated using a recently developed analysis method.
COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCE AND ENGINEERING: Theory and Computation: Old Problems and New Challenges. Lectures Presented at the International Conference on Computational Methods in Science and Engineering 2007 (ICCMSE 2007): VOLUME 1
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: http://hdl.handle.net/11585/59877
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2021-2023 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
