INTRODUZIONE Nonostante lo screening per le infezioni rettali e faringee da Chlamydia trachomatis e Neisseria gonorrhoeae sia una componente essenziale del management delle infezioni a trasmissione sessuale, nessun sistema per la determinazione degli acidi nucleici ha ricevuto fino ad oggi la marcatura CE per le analisi di tamponi raccolti da tali siti anatomici. Per questo motivo, negli ultimi anni molti laboratori hanno condotto prove di validazione interna. In questo studio riportiamo la validazione, condotta presso la Microbiologia del Policlinico S. Orsola-Malpighi di Bologna, del test VERSANT® CT/GC DNA 1.0 Assay, Siemens, per la contemporanea determinazione del DNA di clamidia e gonococco. Inoltre è stata effettuata una valutazione dell’idoneità di due diversi sistemi di raccolta per i tamponi: E-SwabTM e eNATTM, Copan. METODI La soglia di sensibilità (limit of detection=LOD) del test VERSANT® su tamponi faringei e rettali è stata determinata analizzando in triplicato un serie di concentrazioni note di DNA di C. trachomatis e N. gonorrhoeae (da 102 a 10-1 copie/ml), appartenenti al programma di controllo qualità QCMD 2013. Per simulare campioni clinici, i diversi DNA sono stati diluiti in un pool di 10 tamponi di origine rettale e altrettanti di origine faringea, raccolti in doppio con E-Swab e con eNAT, da soggetti sani, testati per escludere i più comuni patogeni a trasmissione sessuale, delle vie respiratorie e gastrointestinali e che dichiaravano di non aver avuto rapporti a rischio. Inoltre, come controllo per escludere una eventuale presenza nei liquidi di raccolta di agenti interferenti, sono stati testate concentrazioni note di DNA di clamidia e gonococco, diluite in un pool di 10 sospensioni di liquido di trasporto, rispettivamente per tamponi E-Swab e eNAT. Tutti i campioni sono stati processati per estrazione e successiva amplificazione sul sistema VERSANT®. L’estratto di DNA refluo è stato utilizzato per metodiche di PCR home-made che avevano come bersaglio il gene omp1 e porA, rispettivamente per clamidia e gonococco, al fine di valutare i LOD anche di queste due metodiche. RISULTATI Il LOD per C. trachomatis del test VERSANT®, sia su tamponi clinici simulati che su terreni di trasporto, è risultato pari a 10 copie/ml, mentre quello per N. gonorrhoeae era pari 1 copia/ml. Le metodiche di PCR home-made hanno invece mostrato LOD lievemente più alti: 50 copie/ml per clamidia e 5 copie/ml per gonococco. Non sono state notate differenze significative né riguardo alle sedi di prelievo dei campioni clinici simulati, né per quanto riguarda il tipo di sistema di raccolta (E-Swab o eNAT). CONCLUSIONI Il test VERSANT® CT/GC DNA 1.0 Assay ha mostrato ottimi livelli di sensibilità per la determinazione del DNA di C. trachomatis e N. gonorrhoeae, sia su tamponi faringei che rettali. I LOD estremamente bassi permettono di escludere l’ipotesi di eventuali risultati falsamente negativi dovuti alla presenza di inibitori presenti in sede faringea o rettale. Inoltre, entrambi i sistemi di raccolta (E-Swab o eNAT) sono risultati idonei per essere processati sul sistema VERSANT®.
VALIDAZIONE DEL TEST VERSANT® CT/CG DNA 1.0 ASSAY PER LA DIAGNOSI MOLECOLARE DI INFEZIONI EXTRAGENITALI DA CHLAMYDIA TRACHOMATIS E NEISSERIA GONORRHOEAE
FOSCHI, CLAUDIO;MARANGONI, ANTONELLA;CEVENINI, ROBERTO
2014
Abstract
INTRODUZIONE Nonostante lo screening per le infezioni rettali e faringee da Chlamydia trachomatis e Neisseria gonorrhoeae sia una componente essenziale del management delle infezioni a trasmissione sessuale, nessun sistema per la determinazione degli acidi nucleici ha ricevuto fino ad oggi la marcatura CE per le analisi di tamponi raccolti da tali siti anatomici. Per questo motivo, negli ultimi anni molti laboratori hanno condotto prove di validazione interna. In questo studio riportiamo la validazione, condotta presso la Microbiologia del Policlinico S. Orsola-Malpighi di Bologna, del test VERSANT® CT/GC DNA 1.0 Assay, Siemens, per la contemporanea determinazione del DNA di clamidia e gonococco. Inoltre è stata effettuata una valutazione dell’idoneità di due diversi sistemi di raccolta per i tamponi: E-SwabTM e eNATTM, Copan. METODI La soglia di sensibilità (limit of detection=LOD) del test VERSANT® su tamponi faringei e rettali è stata determinata analizzando in triplicato un serie di concentrazioni note di DNA di C. trachomatis e N. gonorrhoeae (da 102 a 10-1 copie/ml), appartenenti al programma di controllo qualità QCMD 2013. Per simulare campioni clinici, i diversi DNA sono stati diluiti in un pool di 10 tamponi di origine rettale e altrettanti di origine faringea, raccolti in doppio con E-Swab e con eNAT, da soggetti sani, testati per escludere i più comuni patogeni a trasmissione sessuale, delle vie respiratorie e gastrointestinali e che dichiaravano di non aver avuto rapporti a rischio. Inoltre, come controllo per escludere una eventuale presenza nei liquidi di raccolta di agenti interferenti, sono stati testate concentrazioni note di DNA di clamidia e gonococco, diluite in un pool di 10 sospensioni di liquido di trasporto, rispettivamente per tamponi E-Swab e eNAT. Tutti i campioni sono stati processati per estrazione e successiva amplificazione sul sistema VERSANT®. L’estratto di DNA refluo è stato utilizzato per metodiche di PCR home-made che avevano come bersaglio il gene omp1 e porA, rispettivamente per clamidia e gonococco, al fine di valutare i LOD anche di queste due metodiche. RISULTATI Il LOD per C. trachomatis del test VERSANT®, sia su tamponi clinici simulati che su terreni di trasporto, è risultato pari a 10 copie/ml, mentre quello per N. gonorrhoeae era pari 1 copia/ml. Le metodiche di PCR home-made hanno invece mostrato LOD lievemente più alti: 50 copie/ml per clamidia e 5 copie/ml per gonococco. Non sono state notate differenze significative né riguardo alle sedi di prelievo dei campioni clinici simulati, né per quanto riguarda il tipo di sistema di raccolta (E-Swab o eNAT). CONCLUSIONI Il test VERSANT® CT/GC DNA 1.0 Assay ha mostrato ottimi livelli di sensibilità per la determinazione del DNA di C. trachomatis e N. gonorrhoeae, sia su tamponi faringei che rettali. I LOD estremamente bassi permettono di escludere l’ipotesi di eventuali risultati falsamente negativi dovuti alla presenza di inibitori presenti in sede faringea o rettale. Inoltre, entrambi i sistemi di raccolta (E-Swab o eNAT) sono risultati idonei per essere processati sul sistema VERSANT®.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
